Η Διεύθυνση Διαχείρισης Οικονομικών Πόρων (ΔΔΟΠ) έχει την αρμοδιότητα διαχείρισης ζητημάτων που αφορούν στην ενιαία οικονομική διαχείριση και τον έλεγχο όλων των οικονομικών υποθέσεων και λειτουργιών του Οργανισμού.
Ειδικότερα, σκοπός της ΔΔΟΠ είναι η παρακολούθηση της πορείας εσόδων-εξόδων και η καταγραφή των πλεονασμάτων ή των ελλειμμάτων, ο προγραμματισμός της εξόφλησης των οφειλών, η παρακολούθηση των καταθέσεων, αναλήψεων, πληρωμών, μεταφορών χρημάτων, εμβασμάτων, και η έκδοση ενταλμάτων πληρωμής των δαπανών, η καταβολή της μισθοδοσίας και λοιπών αμοιβών στο προσωπικό.
Η ΔΔΟΠ αποτελείται από τρία τμήματα, το Τμήμα κατάρτισης προϋπολογισμού, δημοσιονομικών αναφορών και λογιστηρίου, Το Τμήμα Εκτέλεσης Προϋπολογισμού και εκκαθάρισης μισθοδοσίας, το Τμήμα Εισπράξεων-Πληρωμών.